MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella flexneri 5 str. 8401 chromosome

Total Repeats: 93120

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008258	TG	3	6	37	42	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008258	A	7	7	47	53	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008258	AGC	2	6	65	70	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008258	CAGA	2	8	156	163	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_008258	ACA	2	6	181	186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008258	CAC	2	6	204	209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_008258	ACC	3	9	214	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_008258	A	6	6	274	279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008258	T	8	8	302	309	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008258	AAC	2	6	329	334	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008258	CGG	2	6	353	358	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804075
12	NC_008258	CAGG	2	8	419	426	25 %	0 %	50 %	25 %	110804075
13	NC_008258	CT	3	6	444	449	0 %	50 %	0 %	50 %	110804075
14	NC_008258	ACCA	2	8	465	472	50 %	0 %	0 %	50 %	110804075
15	NC_008258	TGG	2	6	475	480	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804075
16	NC_008258	GAT	2	6	482	487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804075
17	NC_008258	A	6	6	490	495	100 %	0 %	0 %	0 %	110804075
18	NC_008258	CGC	3	9	569	577	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804075
19	NC_008258	TCG	2	6	613	618	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804075
20	NC_008258	TTG	2	6	663	668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804075
21	NC_008258	CGCTG	2	10	692	701	0 %	20 %	40 %	40 %	110804075
22	NC_008258	CTG	2	6	795	800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804075
23	NC_008258	CCG	2	6	848	853	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804075
24	NC_008258	CCG	2	6	907	912	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804075
25	NC_008258	TGG	2	6	931	936	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804075
26	NC_008258	ACT	2	6	958	963	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804075
27	NC_008258	CGG	2	6	967	972	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804075
28	NC_008258	GCTG	2	8	974	981	0 %	25 %	50 %	25 %	110804075
29	NC_008258	TTG	2	6	998	1003	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804075
30	NC_008258	GGAC	2	8	1012	1019	25 %	0 %	50 %	25 %	110804075
31	NC_008258	GTT	2	6	1067	1072	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804075
32	NC_008258	TTC	2	6	1126	1131	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804075
33	NC_008258	TGA	2	6	1232	1237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804075
34	NC_008258	GGC	2	6	1328	1333	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804075
35	NC_008258	GC	3	6	1332	1337	0 %	0 %	50 %	50 %	110804075
36	NC_008258	TGC	2	6	1343	1348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804075
37	NC_008258	GTG	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804075
38	NC_008258	ATC	2	6	1388	1393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804075
39	NC_008258	TG	3	6	1434	1439	0 %	50 %	50 %	0 %	110804075
40	NC_008258	AAG	2	6	1483	1488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804075
41	NC_008258	GGT	2	6	1535	1540	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804075
42	NC_008258	TCT	2	6	1635	1640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804075
43	NC_008258	GAT	2	6	1671	1676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804075
44	NC_008258	TCA	2	6	1700	1705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804075
45	NC_008258	GCT	2	6	1772	1777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804075
46	NC_008258	GCTG	2	8	1801	1808	0 %	25 %	50 %	25 %	110804075
47	NC_008258	GCG	2	6	1837	1842	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804075
48	NC_008258	GAA	2	6	1902	1907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804075
49	NC_008258	ATC	2	6	1966	1971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804075
50	NC_008258	TTG	2	6	1987	1992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804075
51	NC_008258	CCAG	2	8	2002	2009	25 %	0 %	25 %	50 %	110804075
52	NC_008258	TCG	2	6	2085	2090	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804075
53	NC_008258	ATC	2	6	2101	2106	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804075
54	NC_008258	GCG	2	6	2118	2123	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804075
55	NC_008258	TGA	2	6	2213	2218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804075
56	NC_008258	GAT	2	6	2349	2354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804075
57	NC_008258	ATTGAA	2	12	2430	2441	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110804075
58	NC_008258	TGC	2	6	2446	2451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804075
59	NC_008258	CGA	2	6	2510	2515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804075
60	NC_008258	CG	4	8	2525	2532	0 %	0 %	50 %	50 %	110804075
61	NC_008258	TGA	2	6	2546	2551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804075
62	NC_008258	TGA	2	6	2582	2587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804075
63	NC_008258	TAT	2	6	2685	2690	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804075
64	NC_008258	TGC	2	6	2707	2712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804075
65	NC_008258	GCG	2	6	2863	2868	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804076
66	NC_008258	GGC	2	6	2916	2921	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804076
67	NC_008258	CAA	2	6	2937	2942	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804076
68	NC_008258	GCAA	2	8	3029	3036	50 %	0 %	25 %	25 %	110804076
69	NC_008258	GGT	2	6	3105	3110	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804076
70	NC_008258	ATGA	2	8	3127	3134	50 %	25 %	25 %	0 %	110804076
71	NC_008258	GCA	2	6	3206	3211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804076
72	NC_008258	TGG	2	6	3243	3248	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804076
73	NC_008258	TGA	2	6	3257	3262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804076
74	NC_008258	GAA	2	6	3265	3270	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804076
75	NC_008258	CAT	2	6	3276	3281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804076
76	NC_008258	CAGC	2	8	3282	3289	25 %	0 %	25 %	50 %	110804076
77	NC_008258	TGA	2	6	3303	3308	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804076
78	NC_008258	CGC	2	6	3385	3390	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804076
79	NC_008258	ATTGC	2	10	3395	3404	20 %	40 %	20 %	20 %	110804076
80	NC_008258	CTGG	2	8	3418	3425	0 %	25 %	50 %	25 %	110804076
81	NC_008258	TTCA	2	8	3427	3434	25 %	50 %	0 %	25 %	110804076
82	NC_008258	TGA	2	6	3473	3478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804076
83	NC_008258	AGCG	2	8	3564	3571	25 %	0 %	50 %	25 %	110804076
84	NC_008258	TCCGGC	2	12	3577	3588	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110804076
85	NC_008258	CGG	2	6	3704	3709	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804076
86	NC_008258	T	6	6	3820	3825	0 %	100 %	0 %	0 %	110804077
87	NC_008258	CTGA	2	8	3850	3857	25 %	25 %	25 %	25 %	110804077
88	NC_008258	TGA	2	6	3861	3866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804077
89	NC_008258	TGA	2	6	3924	3929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804077
90	NC_008258	GC	3	6	3960	3965	0 %	0 %	50 %	50 %	110804077
91	NC_008258	CGG	2	6	4059	4064	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804077
92	NC_008258	GAT	2	6	4099	4104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804077
93	NC_008258	GGC	2	6	4252	4257	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804077
94	NC_008258	TGA	3	9	4323	4331	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804077
95	NC_008258	TTG	2	6	4387	4392	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804077
96	NC_008258	CTA	2	6	4404	4409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804077
97	NC_008258	AGG	2	6	4436	4441	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804077
98	NC_008258	CGG	2	6	4493	4498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804077
99	NC_008258	CTG	2	6	4501	4506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804077
100	NC_008258	TGC	2	6	4542	4547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804077
101	NC_008258	ACG	2	6	4583	4588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804077
102	NC_008258	AAC	2	6	4651	4656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804077
103	NC_008258	GTT	2	6	4674	4679	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804077
104	NC_008258	CCG	2	6	4680	4685	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804077
105	NC_008258	GAT	2	6	4726	4731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804077
106	NC_008258	AG	3	6	4881	4886	50 %	0 %	50 %	0 %	110804077
107	NC_008258	CCG	2	6	4973	4978	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804077
108	NC_008258	TGCGT	2	10	4986	4995	0 %	40 %	40 %	20 %	110804077
109	NC_008258	TGA	3	9	5000	5008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804077
110	NC_008258	ATC	2	6	5009	5014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804077
111	NC_008258	T	6	6	5070	5075	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008258	GAA	2	6	5078	5083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008258	AAC	2	6	5162	5167	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008258	CGT	2	6	5168	5173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_008258	GCA	2	6	5290	5295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804078
116	NC_008258	TGG	2	6	5398	5403	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804078
117	NC_008258	ACA	2	6	5406	5411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804078
118	NC_008258	CCG	2	6	5449	5454	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804078
119	NC_008258	CCG	2	6	5458	5463	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804078
120	NC_008258	CCA	2	6	5466	5471	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804078
121	NC_008258	CTC	2	6	5480	5485	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804078
122	NC_008258	ATC	2	6	5489	5494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804078
123	NC_008258	CGG	2	6	5496	5501	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804078
124	NC_008258	AT	3	6	5612	5617	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008258	CGC	2	6	5656	5661	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_008258	GCT	2	6	5687	5692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804079
127	NC_008258	GGA	2	6	5724	5729	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804079
128	NC_008258	TCA	2	6	5734	5739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804079
129	NC_008258	AAG	2	6	5740	5745	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804079
130	NC_008258	CAGT	2	8	5765	5772	25 %	25 %	25 %	25 %	110804079
131	NC_008258	AAT	2	6	5799	5804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804079
132	NC_008258	TCA	2	6	5813	5818	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804079
133	NC_008258	TGA	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804079
134	NC_008258	TTC	2	6	5866	5871	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804079
135	NC_008258	TTC	2	6	5911	5916	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804079
136	NC_008258	GCC	2	6	5944	5949	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804079
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139	NC_008258	TTG	2	6	5998	6003	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804079
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146	NC_008258	CAT	2	6	6542	6547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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159	NC_008258	CG	3	6	7619	7624	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
160	NC_008258	GCA	2	6	7729	7734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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168	NC_008258	TA	3	6	8090	8095	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_008258	ATC	2	6	8245	8250	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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254	NC_008258	A	6	6	12057	12062	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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259	NC_008258	ATG	2	6	12196	12201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
260	NC_008258	AT	3	6	12207	12212	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_008258	AAT	2	6	12236	12241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804085
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264	NC_008258	CAC	2	6	12329	12334	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804085
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266	NC_008258	GCC	2	6	12448	12453	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804085
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399	NC_008258	ATT	2	6	18409	18414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
400	NC_008258	AATA	2	8	18453	18460	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
401	NC_008258	CTTC	2	8	18475	18482	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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